A katolikus egyház már a korai időktől kezdve fellépett a hivatalos tanításoktól eltérő irányzatokkal szemben. A helyi püspök feladata volt visszatéríteni a tévelygőket Róma hűségére. Ahogy a 11. század folyamán nőtt a Rómától elszakadó irányzatok követőinek száma, úgy súlyosbodtak a kiszabott büntetések. A század végén – az első keresztes háborút meghirdető – II. Orbán pápa már úgy nyilatkozott, hogy „nem tekintjük gyilkosságnak azt, ha azok, akik lángolnak anyjuk, a katolikus egyház védelméért, halálba küldik a kiközösítetteket”.

: 

A 12. században az eretnekmozgalmak széles körű elterjedésére válaszul a pápák vették kezükbe az eretneküldözések irányítását. 1179-ben a III. lateráni zsinaton III. Sándor már keresztes hadjáratok szervezését írta elő a püspököknek az eretnekek ellen. A résztvevőknek teljes bűnbocsánatot és ugyanolyan kedvezményeket ígért, mint a Szentföldön a muszlimok ellen harcolóknak.
A század végén, 1197-ben II. (Katolikus) Péter, Aragónia királya rendelte el első ízben Európában, hogy az eretneket az egyik legszörnyűbb kivégzési móddal, máglyahalállal kell sújtani. Ez a halálnem III. Ince pápa (1198–1216) indoklása nyomán vált általánossá az eretnekekkel szembeni küzdelemben. Ince szerint mivel az eretnekség a római jog alapján a felségsértéssel azonos, ezért mint ilyet a római jog alapján tűzhalállal kell büntetni.
Az Ince által összehívott IV. lateráni egyetemes zsinat összegezte és megerősítette az addigi eretneküldöző rendelkezéseket. Az uralkodók kötelességévé tette a szekták elleni harcot. II. Frigyes német–római császár a zsinat szellemében 1220 és 1239 között több törvényt is kibocsátott az eretnekek ellen. Ezek kimondták, hogy a birodalom egész területén máglyahalál és vagyonelkobzás vár a megátalkodott eretnekekre, megbánás esetén pedig életfogytiglani börtön. Minden tisztségviselőnek a hivatalba lépésekor esküt kellett tennie arra, hogy üldözni fogja a szektákat. A pápaság ösztönzésére Európa más országaiban is aktívan bekapcsolódtak az uralkodók az eretnekek üldözésébe.
Mivel a püspöki inkvizíciót IX. Gergely pápa nem tartotta elég hatékonynak, ezért 1227-ben közvetlenül ő bízott meg egy firenzei Domonkos-rendi szerzetest, hogy szerzetes társa segítségével indítsanak eljárást a városban ténykedô eretnekek ellen. Ez jelentette a közvetlen pápai inkvizíció kezdetét, amelyet az általa 1231-ben kibocsátott Excommunicamus kezdetű bulla szabályozott részletesen. Az eretneküldözésben a Domonkos-rendnek biztosította a meghatározó szerepet.
1252-ben IV. Ince pápa az inkvizíciós kihallgatásoknál előírta a kínzókamra alkalmazását. Ezzel fő vonalaiban kialakult a középkori pápai inkvizíció rendszere. Bernard Gui, az egyik leghíresebb 14. századi inkvizítor az egyik fő inkvizíciós kézikönyvnek számító Az inkvizíció gyakorlata című művében így írt: „Az inkvizíció feladata az eretnekség kiirtása. Az eretnekséget nem lehet megsemmisíteni, ha nem semmisítik meg az eretnekeket. Az eretnekeket nem lehet megsemmisíteni, ha nem irtják ki velük együtt azokat, akik rejtegetik őket, együtt éreznek velük, és védelmezik őket.”
Ez a megsemmisítő indulat hatotta át az inkvizíció működését. Az inkvizíciós eljárás megindításához elegendő volt egyetlen feljelentés vagy terhelő vallomás, és a gyanúsítottal soha nem közölték, hogy ki vallott ellene. A letartóztatott gyanúsított az inkvizíció többnyire sötét, nyirkos és levegőtlen börtönébe került. A kihallgatás során az inkvizítorok rábeszéléssel és fenyegetésekkel igyekeztek rábírni áldozatukat, hogy tagadja meg hitét, és nevezze meg társait. Ha mindez eredménytelennek bizonyult, akkor következett a kínvallatás. Ennek csak alsó korhatára volt – 14 év –, bár ezt sem vették mindig szigorúan.
A kegyetlen kínzások során arra törekedtek, hogy a vádlott lehetőleg ne veszítse életét, ugyanakkor az elviselhetetlenségig fokozható fájdalmat okozhassanak neki. Elvben csak egyszer lehetett egy gyanúsítottat kínvallatásnak alávetni. A gyakorlatban azonban gyakran hetekig, sőt hónapokig is folyhatott egy fogoly tortúrája, mondván, hogy az egyes alkalmakkal csak félbeszakították, illetve felfüggesztették a kínvallatást. Az eljárás befejeződése után történt az ítélet kihirdetése. A büntetések változatosak voltak. Legenyhébb esetben lehetett vezeklés, de gyakran szabtak ki életfogytiglani börtönbüntetést, vagyonelkobzást, illetve máglyahalál büntetését is. Az inkvizítorok a 15. századtól kezdve már bevallottan nem az elítéltek lelki üdve kedvéért dolgoztak: „Emlékeznünk kell arra: a per és a kivégzés fő célja nem az, hogy megmentsük a vádlott lelkét, hanem hogy a közjó érdekében járjunk el, és hogy félelmet plántáljunk másokba” – szólt az egyik inkvizítor útmutatása.

A soproni valdensek pere

A valdens mozgalomról Magyarországon először a 14. század végén tesznek említést a források, Sopronban és környékén. A mozgalom olyan gyors ütemben terjedt a városban, hogy Pál soproni plébános semmit sem tudott tenni az ébredés feltartóztatására. Ezért János gyôri püspökhöz fordult segítségért.
A püspök két külföldi inkvizítort hívatott Sop­ronba és környékére: Peter Zwickert, a celestinus rend németországi tartományfőnökét és Márton prágai oltárpapot, akik ekkor az esztergomi érseki főegyházmegyében kutattak „eretnekek” után. Az inkvizítori vizsgálat 1401. január 9-én fejeződött be, a város Szent Mihály-templomában (képünkön).
Az ekkor készült ítéletlevél beszámol róla, hogy számos férfi és nő beismerte, hogy Valdo tanításának a követői. Valdens lelkészeknek vallották meg bűneiket, akikről pedig jól tudták, hogy nem felszentelt papok. Mégis őket jó embereknek, Krisztus apostolai helynökeinek tekintették. Annak ellenére, hogy katolikus plébánosaik óva intették őket a valdens összejövetelektől, mégis felkeresték szállásukon a titokban a városba érkező valdens prédikátorokat. Beismerték, hogy sem Szűz Máriának, sem a szenteknek a kultuszát nem gyakorolták, nem is hívták segítségül őket. Nem hittek a tisztítótűzben, a purgatóriumban és az egyházi közbenjárásban sem az ott szenvedők javára.
Az inkvizítorok a katolikus egyházba visszatérített valdenseknek hosszas vezeklést írtak elő. 90 napon át a város két kijelölt templomában – a ma is álló Szent Mihály, illetve a Boldogasszony templomban – rendszeresen misére kellett összegyűlniük. A többi hívőtől elkülönített csoportban térden állva hosszasan kellett előírt imákat mondaniuk, így például 15 Üdvözlégy Máriát, hogy a korábban megtagadott Mária-kultuszban ismét elmélyedjenek. Több imát kellett mondaniuk az elhunytak lelki üdvéért, és kérniük kellett a szenteknek és Máriának a közbenjárását. Majd a hívek előtt mindnyájuknak egyenként nyilvános gyónást kellett végezniük, amelyben bűnként kellett megvallaniuk és megbánniuk a valdens hittel kapcsolatos minden cselekedetüket. Ruhájukon mindnyájuknak megkülönböztető jelzést, kék keresztet kellett viselniük, hogy mindenki már messziről láthassa, hogy egykor veszedelmes eretnekséghez tartoztak. A kereszt viselésének hossza attól függött, ki milyen régóta tartozott a valdensekhez. A többség egy évnél rövidebb ideje tartozott a valdensekhez, ezért számukra egy hónapig tartó keresztviselést írtak elő. Az egyik özvegyasszony, a Kőszegről származó Beratunsgot Jakab özvegye elmondta, hogy bár katolikus szülőktől származott, de férje hatására már több mint 12 éve ő is csatlakozott a valdensekhez. Ezért neki két esztendeig kellett hordania a szégyenbélyeget. Olyan is volt, aki 26 esztendeje tartozott a mozgalomhoz. Neki három évig kellett hordani a kék keresztet.
Az összegyülekezési helyeket le kellett rombolni, és szemétdombként kellett használni azokat. Ha elhunytakról derült ki, hogy valdensek voltak, a földi maradványaikat ki kellett ásni a sírból, és el kellett égetni az örök kárhozat jeléül.